成本效益分析中的效益分析部分一般会对政策带来的不同方面的收益进行逐一评估，最后将这些分别评估的收益进行加总得到政策的总效益。通常，效益分析分为以下三个步骤：
 
1. 识别效益类别
收益分析的第一步是识别可能受到政策影响的收益类型。首先，需要明确政策方案的影响范围，在此基础上筛选可能影响政策决策的效益类别。在决定效益分析中应纳入哪些效益类别时应从以下三个方面进行考虑：1）挑选可能因政策而变化的收益类别。在通过文献回顾和专家咨询等方式，明确了相关污染物对人类健康和生态环境可能造成的物理影响后，需要进一步确认哪些影响随政策方案的变化较大。分析中应评估每种政策选项（有无政策、或不同的政策方案）下的物理影响有何差异，以及如何影响相应的福利类别。2）挑选可能在总收益中比重较大的收益类别。挑选准则取决于对收益估值的大小和准确性，以及得到相应估值信息所需付出的成本。3）挑选对特定利益相关者特别重要的收益类别。
 
2. 量化效益终端
在确定收益类别后，需要量化与每个收益类别相对应的物理终端，重点关注不同政策方案相对于基准情景的变化。在量化效益终端时，通常需要收集有关终端变化的幅度、影响范围、和影响时间。这一步骤需要多领域专家的密切合作以确定污染物变化对人类、生态系统以及建造材料的潜在影响，并确保这一步中所提供的终端信息适用于随后的经济价值评估分析。
 
3. 评估效益价值
第三个步骤是将环境政策影响进行货币化，估算其社会效益的经济价值。由于环境质量改善不属于市场商品，没有现成的市场价格反映其价值，因此，在经济分析中通常依赖于个人支付意愿（willingness to pay, WTP）对其进行价值评估。在估算WTP时，需要谨慎选择估值方法，在使用多种方法时需注意可能出现的重复计算问题。在展示结果时，应描述估值的来源并对其不确定性进行讨论。