USEPA在针对1990年《清洁空气法案修订案》的第三次评估中采用了两种方法评估直接成本，分别是基于设施减排成本的单位成本法（Cost Estimates Based on Unit Costs）和基于优化减排路径的优化成本法（Cost Estimates Based on Optimization）。前者是基于法规要求的特定减排措施/技术要求来计算单位减排成本；而后者则是在特定目标下，基于最小化成本的减排路径来计算成本。
 
在单位成本法计算中，减排成本数据来自于USEPA AirControlNET数据库，其优势是将减排技术和措施的详细数据与USEPA的国家排放清单相结合，可以基于排放设施的单位成本和存量来计算减排成本。例如，针对非道路移动源的减排成本，可以将单位成本估算乘以特定年份的车辆/设备销售和燃油消耗即可估算年化成本。
 
优化成本法旨在达到政策减排目标的前提下，基于现有技术、生产能力等一系列现实约束，识别行业的最优减排成本。该方法的一个典型应用实例是USEPA采用综合规划模型（Integrated Planning Model, IPM）对电力行业的减排成本进行的估算。IPM模型识别了为达到《清洁空气法案修订案》排放总量控制要求，并确保电力行业满足能源和峰值需求前提下的最低成本策略。
 
此外，随着时间的推移，特定减排措施和技术会产生持续的经验累积并日趋成熟，由此带来的单位成本下降也是需要在成本评估中考虑的重要因素。USEPA对《清洁空气法案修正案》的第三次评估中对成本的评估纳入了减排措施经验积累带来的学习曲线效应（learning curve effect）的理念，也就是说，随着减排措施和技术的推广和普及，特定技术的成本会逐步降低。在对《清洁空气法案修正案》的成本评估中，USEPA项目团队根据实证文献中的学习率来不断调整学习曲线，继而识别了电力行业SO2、NOx减排技术的学习率。针对没有实证研究的机动车排放控制技术的学习率，USEPA利用机动车生产的学习率来转化替代。而对于受法案影响的其他技术和行业，则统一采用科学委员会推荐的默认学习率（10%，这一数值代表技术累积生产量每翻一番的成本下降百分比）。