通常CBA分析主要包括成本评估和效益评估两个方面，并在最后对两者进行对比分析，得出给定政策方案的净效益。具体而言，成本评估部分估算的是政策直接成本，包括受监管实体为遵守政策法规所采取的措施与技术的投入、运营和维护成本等。效益评估主要包括对政策效益的估算以及货币化，以便于后续和成本进行比较。最后，将直接成本与货币化后的效益进行对比得出政策方案的净效益，为决策者提供决策依据。

以USEPA针对1990年《清洁空气法案修订案》的第三次评估为例，分析首先设置了基准情景和政策情景，并针对两种情景分别进行污染物排放预测。在成本评估中，基于排放预测模型得出政策情景下的减排量，进而生成减排所需的直接成本。在效益评估中，大量针对清洁空气政策的分析结果表明，此类政策带来的效益中健康效益占绝大部分，因此对健康效益的评估及货币化是效益分析中最主要的部分。在USEPA的分析中，首先采用空气质量模型对人群的空气污染暴露水平变化进行估算，并基于健康影响函数将这一暴露水平变化转化为健康终端的影响，最后结合经济方法将量化的健康影响折算为货币单位。除健康效益外，评估还对生态效益进行了定量分析，包括近地面臭氧暴露减少带来的森林、农作物增产效益；降低颗粒物浓度提高的休憩和住宅的能见度的效益；以及减少酸沉降带来的建筑和结构材料损失减少。最后，将直接成本和货币化后的效益进行对比，得出政策的净效益。

除直接成本和收益外，CBA也会关注政策对宏观经济产生的间接影响。通常可以采用一般均衡模型（CGE）等经济模型，对经济发展指标如GDP、经济结构、家庭福祉等方面进行影响分析。