一项环境政策的成本和收益往往不仅局限于当期，也包括未来的成本和收益。通常一项政策需要投入一定的前期成本，如果政策涉及到分期推进的措施，也会包括未来的成本。环境政策的收益（例如健康收益和生态收益）往往是长期中产生的。为了使这些不同时期发生的成本和收益具有可比性，成本效益分析中一般通过贴现的方式将未来发生的成本及收益换算为当期的价值并对净收益进行评估。具体而言，贴现计算通过将每一时期的收益和成本乘以贴现率后进行加总，得出政策的净现值（net present value, NPV）。
 
对未来的成本或收益进行贴现的依据是基于对资金流的时间价值的考虑。经济学中通常认为人们认为当期的资金流比未来相同数量的资金流更有价值，例如消费者在今天消费1元钱将产生比明天消费1元钱更大的满足感。很多经济现象与此有关，例如存钱的行为可以理解为消费者放弃在当期消费的机会换取更多的在未来消费的可能，而正的储存利息反映了消费者认为当期消费价值比未来消费价值更高。基于这一基本概念，贴现后的未来成本和收益往往是低于原值的。
 
在进行贴现计算时，贴现率的选择尤为重要。估算贴现率有多种方式。当成本和收益更多的表现为消费变化而非资本存量变化时，可以考虑使用消费利率（consumption rate of interest）来反映贴现率。基于美国国债的历史收益率，美国对消费利率的估计在3%左右。当成本和收益更多作为资本存量变化时，可以使用私人资本回报率（rate of return to private capital）进行贴现，白宫管理和预算办公室（Office of Management and Budget, OMB）估计私人资本回报率约为7%。此外，可以使用资本影子价格法（shadow price of capital approach）对贴现率进行估计，其估值一般介于前两者之间。如果政策时间跨度很长，还应考虑贴现率在长期中的不确定性和可变性。在描述分析结论时，应该对选取不同贴现率可能对分析结论产生的影响做出讨论。USEPA在对1990年《清洁空气法案修订案》的第三次评估中，使用了5%的贴现率，并使用3%和7%两个贴现率替代值进行了敏感性分析。USEPA也将定期审查有关贴现率的实证研究并在必要时更新对其估值的指导意见。